線粒體提取試劑盒在使用時應注意以下事項：
1.為保證獲得完整的線粒體，第一是全程低溫操作。第二是快速。第三，在不破壞亞細胞器的情況下破碎細胞是制備線粒體的最關鍵環節。與組織塊相比，培養細胞特別是貼壁培養細胞在用玻璃勻漿器勻漿時較難破壁，因而要選用小容量玻璃勻漿器、間隙嚴密的研杵上下研磨培養細胞。
2.以離心力g計算正確的離心速度，不同的離心機可據此精確計算離心速度。
3.進行Western Blot和2D-膠電泳，可直接加入上樣緩沖液裂解線粒體。
4.盡量使用一次性吸頭、管、瓶或玻璃器皿，可重復使用的玻璃器皿必須在使用前清洗并*清除殘留清潔劑。
5.避免皮膚或粘膜與試劑接觸。
