1、安全性：如果選擇EB替代染料，那么染料的安全性就是一個非常重要的指標。安全性評估主要的檢測有Ames測試、細胞滲透性實驗、染色體畸變和正向突變分析、口服毒性分析等。在安全性方面，具有較多檢測項目和機構出具檢測報告的核酸染料，安全性可能會更高；另外在一些報道或對比數據中，我們也可根據它們可能的原料來判斷它們的安全性。
2、 穩定性：核酸染料的穩定性和在各種條件下的染色效果，會直接影響觀察到的染色結果。
3、靈敏度：幾乎所有的EB替代染料都其染料的靈敏度至少不低于EB，甚至高于EB，具體到試驗內容上，只要不是有特殊的需求，一般都能滿足。
4、遷移率：由于核酸染料終都會結合到DNA上，才能通過染料從而對DNA進行分析，這也就意味著如果采用點染法或膠染法進行核酸檢測時，根據使用的染料不同，核酸染料或多或少會對核酸的遷移率甚至帶型產生影響。
